早上起床后腰疼和肾虚有一定关联，但不是唯一因素。一般来说，约10% - 15%的人群早上起床后腰疼可能与肾虚有关，但也有很多其他原因会导致晨起腰疼。
腰部本身问题导致的晨起腰疼
腰椎间盘突出： 当腰椎间盘发生退变、纤维环部分或全部断裂，髓核突出刺激或压迫神经根、马尾神经时，晨起可能出现腰疼。长期久坐、弯腰工作的人群更容易患腰椎间盘突出，据统计，40 - 60岁人群中约20% - 30%有不同程度的腰椎间盘退变。腰肌劳损： 长期腰部姿势不良，如久坐、久站，或者腰部急性损伤未恢复，都可能引发腰肌劳损。晨起时腰部肌肉僵硬，活动后稍缓解，这类人群在体力劳动者中占比较高，约30%左右的体力劳动者有不同程度腰肌劳损。
脊柱关节病变引起的晨起腰疼
强直性脊柱炎： 这是一种自身免疫性疾病，主要侵犯脊柱、骶髂关节等部位。患者晨起时腰疼明显，伴有脊柱僵硬，活动后症状缓解，多见于16 - 30岁的男性，据调查，约90%的强直性脊柱炎患者在晨起时会有腰部不适。类风湿关节炎： 若累及脊柱，也可能出现晨起腰疼，同时伴有关节肿胀、疼痛、僵硬，多发生在30 - 50岁人群，女性发病率略高于男性，约60% - 70%的类风湿关节炎患者可能累及脊柱出现相关症状。
其他系统疾病导致的晨起腰疼
肾脏疾病： 如肾炎、肾结石等。肾炎患者除了晨起腰疼外，可能伴有水肿、蛋白尿等症状；肾结石患者晨起腰疼往往较为剧烈，还可能伴有血尿，据统计，肾结石的患病率在不同地区有所差异，一般在3% - 10%左右。妇科疾病： 女性盆腔炎、子宫内膜异位症等也可能引起晨起腰疼。盆腔炎患者除腰疼外，常有下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧，育龄女性中盆腔炎的患病率约为10% - 20%；子宫内膜异位症患者晨起腰疼可能伴有痛经、月经异常等，在育龄女性中的发病率约为10%左右。