得尿道上裂主要与胚胎发育异常有关。胚胎在发育到第 4 - 7 周时，泄殖腔膜腹侧的中胚层发育异常，影响了尿生殖窦与尿道的正常分化，从而导致尿道上裂的发生。
遗传因素相关
基因变异影响：研究发现，某些基因的变异可能与尿道上裂的发生有关。例如，一些参与胚胎发育过程中关键信号通路的基因发生突变，就可能干扰尿道的正常形成。目前已经发现有多个基因与尿道发育相关，当这些基因出现异常时，增加了胎儿患尿道上裂的风险。家族遗传倾向：如果家族中有亲属患过尿道上裂，那么后代患尿道上裂的概率会比普通人群有所升高。虽然具体的遗传模式还不完全明确，但家族遗传因素在尿道上裂的发病中起到一定作用。如果家族中有相关病史，孕妇在孕期需要更加密切地进行产前检查，以便早期发现胎儿是否存在尿道上裂的情况。
孕期环境因素影响
孕期感染：孕妇在孕期如果发生某些病毒感染，如风疹病毒感染等，可能会影响胚胎的正常发育。研究表明，孕期感染风疹病毒后，病毒可以通过胎盘影响胎儿的泌尿系统发育，增加胎儿出现尿道上裂等泌尿系统畸形的可能性。一般来说，在怀孕早期（受孕后 3 - 8 周是胚胎器官形成的关键时期）如果孕妇感染了相关病毒，对胎儿尿道发育的影响更为显著。孕期药物影响：孕妇在孕期不合理使用某些药物也可能导致胎儿尿道上裂。例如，一些在动物实验中发现可能影响胚胎发育的药物，如果孕妇在不知情的情况下服用，就可能干扰胎儿尿道的正常形成过程。但需要注意的是，并不是所有药物都会导致这种情况，而是特定的、对胚胎发育有不良影响的药物才会有这样的风险。孕妇在孕期用药必须在医生的指导下进行，避免自行盲目用药。
激素水平异常因素
雄激素水平变化：在胚胎发育过程中，雄激素对于男性尿道的正常形成起着重要作用。如果孕期胎儿体内雄激素水平出现异常，比如雄激素分泌不足或作用异常，就可能导致尿道上裂的发生。正常情况下，雄激素能够促进尿道海绵体等结构的正常发育，当雄激素相关的调节出现问题时，尿道的分化就会受到阻碍，从而出现尿道上裂的畸形表现。胎儿雄激素水平的异常可能是由于母体激素水平影响，或者胎儿自身内分泌系统发育异常等多种原因引起的。