肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占尿路感染的80%-90%。
感染途径之一：上行感染
尿道细菌逆行： 细菌从尿道外口进入，沿着尿道向上蔓延至膀胱，然后再通过输尿管到达肾盂，从而引发肾盂肾炎。比如女性的尿道短而直，且靠近肛门，更容易让细菌侵入，像性生活后就容易发生上行感染。膀胱输尿管反流： 当存在膀胱输尿管反流时，尿液会从膀胱逆流回输尿管甚至肾盂，把尿道中的细菌也带了上去，增加肾盂肾炎的发病风险。
感染途径之二：血行感染
细菌随血流传播： 身体其他部位的感染病灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可进入血液循环，随血流到达肾脏引发肾盂肾炎。像皮肤有化脓性感染时，细菌可能通过血液跑到肾脏。常见致病菌： 金黄色葡萄球菌等细菌通过血行感染肾盂时较为常见，这种情况相对上行感染来说几率小一些，但也不可忽视。
易感人群因素
女性群体： 女性尿道短、宽，且距离肛门近，这使得她们比男性更容易患上肾盂肾炎。据统计，育龄女性肾盂肾炎的发生率明显高于男性。比如年轻女性在经期、孕期、更年期等特殊时期，泌尿系统防御功能会有变化，更易感染。尿路梗阻人群： 尿路结石、前列腺增生等原因导致尿路梗阻时，尿液排出不畅，细菌容易在尿路中繁殖，进而引发肾盂肾炎。比如尿路结石患者，结石堵塞尿路，尿液积聚，细菌滋生，就容易出现肾盂肾炎。机体免疫力低下者： 糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，机体免疫力较低，对细菌的抵抗力减弱，容易受到细菌侵袭引发肾盂肾炎。例如糖尿病患者血糖控制不佳时，身体防御细菌的能力下降，更易发生肾盂肾炎。