急性肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道细菌入侵： 细菌从尿道上行，经膀胱、输尿管到达肾脏引发感染。比如女性尿道短且宽，更易让细菌上行，尤其是性生活后，细菌容易进入尿道并向肾脏蔓延。膀胱感染蔓延： 当膀胱有炎症时，细菌可能顺着输尿管向肾盂扩散，从而引发肾盂肾炎。
感染途径之二：血行感染
其他部位感染播散： 身体其他部位的感染病灶，如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。例如，皮肤有化脓性感染时，细菌随血液流动到肾脏，就可能导致肾盂肾炎。常见引发血行感染的情况： 当人体抵抗力较低时，血行感染的风险会增加，像患有糖尿病、长期使用免疫抑制剂的人群就更容易出现这种情况。
易感因素影响
尿路梗阻： 尿路结石、前列腺增生等原因可导致尿路梗阻，使尿液排出不畅，细菌容易在局部繁殖，进而引发肾盂肾炎。据统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻的情况。膀胱输尿管反流： 尿液从膀胱逆流回输尿管甚至肾盂，会把细菌带回去，增加感染肾盂的机会。这种情况在儿童中相对多见。机体免疫力低下： 长期卧床、患有慢性疾病（如艾滋病、肝硬化等）的人，身体免疫力较差，容易受到细菌侵袭引发肾盂肾炎。比如艾滋病患者，由于免疫系统受损，患肾盂肾炎的概率比正常人高很多。