炎症性肠病的病因目前尚未完全明确，但普遍认为是遗传、环境、肠道免疫等多种因素共同作用导致的。比如遗传因素方面，有研究显示约15% - 30%的炎症性肠病患者有家族史，亲属中有患者的人患病风险相对更高。
遗传因素影响
基因易感性： 某些特定的基因变异与炎症性肠病的发生密切相关。例如NOD2基因，它的突变会影响肠道上皮细胞的功能，使肠道对病原体的防御能力下降，增加患炎症性肠病的几率。家族聚集性： 如果一级亲属（父母、子女、兄弟姐妹）中有患炎症性肠病的人，那么自身患病的风险比普通人高出2 - 4倍。
肠道免疫失衡
免疫系统异常激活： 正常情况下肠道免疫系统能耐受共生菌，但在炎症性肠病患者中，肠道免疫系统出现异常激活。肠道中的免疫细胞，如T淋巴细胞等过度活跃，会释放大量炎症因子，像肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）等，持续攻击肠道黏膜，导致肠道炎症持续存在并逐渐损伤肠道组织。对共生菌的反应过度： 肠道内有大量共生菌，原本它们与肠道是互利共生的关系，但在炎症性肠病患者体内，免疫系统对这些共生菌反应过度，将其当作外来病原体进行攻击，进一步加重肠道的炎症状态。
环境因素作用
饮食因素： 长期高脂肪、高蛋白饮食可能会增加炎症性肠病的发病风险。例如西方的高油脂、高糖饮食结构与炎症性肠病的高发相关。另外，吸烟也是一个重要的环境危险因素，吸烟者患炎症性肠病的风险比不吸烟者高1.5 - 2倍，而且吸烟还会影响疾病的预后，使病情更难控制。感染因素： 某些病原体感染可能会触发肠道的免疫反应，从而诱发炎症性肠病。比如肠道中的一些细菌、病毒感染，像耶尔森菌、巨细胞病毒等感染后，可能会打破肠道的免疫平衡，导致肠道炎症的发生。