半夜突然肾疼可能由多种疾病引发，如肾结石、肾盂肾炎、泌尿道结石等，可在医生指导下用对症药物治疗。
一、肾结石：这是尿液中某些成分在肾脏沉积所致。结石移动会引发尿路痉挛，导致患者出现腰腹部疼痛、恶心、呕吐、腹胀等症状。治疗药物有盐酸吗啡片可止痛、双氯芬酸钠缓释胶囊缓解疼痛、硫酸阿托品片解除痉挛等。
二、肾盂肾炎：多种致病菌经尿道上行至肾脏引发感染，疾病反复时会有尿频、尿急、腰痛等表现。可使用氨苄西林丙磺舒胶囊抗菌、复方石韦胶囊清热通淋、盐酸左氧氟沙星胶囊消炎等药物治疗。
三、泌尿道结石：晚上身体放松，迷走神经兴奋，结石堵塞输尿管会引起输尿管痉挛而使患者感觉疼痛。可用排石颗粒促进结石排出、枸橼酸氢钾钠颗粒碱化尿液、盐酸左氧氟沙星胶囊抗炎等药物改善。
此外，还可能是糖尿病肾病、肾下垂、狼疮性肾炎、肾小球肾炎、输尿管发育不良、淀粉样变肾病等疾病引起。若有其他不适，应及时就医。
总结：半夜肾疼的原因多样，文中列举了一些常见疾病及相关治疗药物，同时也提到了其他可能的疾病。出现肾疼应及时就医诊断并治疗。