生理性和病理性卵巢囊肿分别指非功能性和功能性卵巢囊肿，可通过临床症状、影像学检查、实验室检查等予以判别。
一、临床症状
1.常见功能性卵巢囊肿多与月经周期存在一定关联，像滤泡囊肿、黄体囊肿等，患者往往无显著不适表现，且可能会在2至3个月内自行消退。
2.非功能性卵巢囊肿患者或许会有局部隐痛、小腹下坠感、下腹部压迫感、性交痛等症状，要是发生蒂扭转等并发症，还可能出现下腹部剧烈腹痛、头晕、休克等情况。
二、影像学检查
盆腔超声检查、腹腔镜检查等项目均能直观观测卵巢囊肿，功能性卵巢囊肿通常体积较小且位于单侧，囊壁光滑，囊腔内可能存有液性暗区；而非功能性卵巢囊肿体积相对较大，可能为囊实性，或者双侧均有囊肿，囊壁较粗糙。
三、实验室检查
还可通过抽血检测肿瘤标志物的方式区分卵巢囊肿的性质，以鉴别功能性卵巢囊肿和病理性的卵巢癌，常用的有CA125、CA199等。
总之，通过对临床症状、影像学检查以及实验室检查等方面的综合评估，能够较为准确地区分生理性和病理性卵巢囊肿。