女性尿道炎主要是由病原体感染引起的，常见的病原体有大肠杆菌等，约90%的女性尿道炎是由大肠杆菌等肠道细菌逆行感染尿道所致。
病原体感染途径
上行感染： 这是最主要的感染途径。女性的尿道短而直，长度约3 - 5厘米，且尿道口与阴道、肛门距离较近，大肠杆菌等病原体很容易从尿道口侵入尿道，进而向上蔓延至膀胱、输尿管甚至肾脏。比如，女性不注意会阴部位的清洁卫生，大便后卫生纸从肛门向尿道方向擦拭，就可能将肠道细菌带到尿道引发感染。血行感染： 这种情况相对较少见。当身体其他部位有感染病灶，如皮肤感染、扁桃体炎、肺炎等，细菌可通过血液循环到达尿道引起感染。但一般来说，血行感染引发女性尿道炎的概率低于上行感染。
局部防御机制受损
经期卫生不良： 女性在月经期间，经血是细菌良好的培养基，如果不及时更换卫生巾，会为细菌的滋生和繁殖提供有利条件，增加尿道炎的发病风险。通常建议女性每2 - 4小时更换一次卫生巾。性生活因素： 性生活时，会将尿道口周围的细菌挤入尿道，甚至可能将细菌直接带入膀胱。尤其是新婚女性，性生活频繁，尿道炎的发生率相对较高。另外，绝经后的女性由于雌激素水平降低，阴道和尿道黏膜变薄，局部抵抗力下降，也更容易发生尿道炎。
机体抵抗力下降
疲劳因素： 长期过度劳累会使机体的免疫力下降，此时尿道抵御细菌的能力减弱，容易受到病原体侵袭引发尿道炎。比如，连续加班熬夜后，女性就可能出现尿频、尿急、尿痛等尿道炎症状。疾病影响： 一些慢性疾病会影响机体的抵抗力，如糖尿病患者，由于尿液中含糖量高，有利于细菌生长繁殖，糖尿病患者发生尿道炎的概率比正常人高很多；再比如患有免疫系统疾病的女性，自身免疫功能存在缺陷，也容易反复发生尿道炎。