怀孕三个月时肚子出现一阵一阵疼痛，主要考虑与以下情况有关：
一、先兆流产：如果孕妇近期过于劳累，或者自身孕激素不足，可能引发子宫平滑肌收缩。主要表现为肚子有规律的一阵一阵疼痛，部分患者还可能伴有阴道流血现象。此时必须积极干预治疗，以防出现先兆流产。
1.（1）过度疲劳可能使孕妇身体不堪重负，影响到子宫状态。
1.（2）孕激素对维持妊娠起着重要作用，不足时容易引发宫缩等问题。
二、胃肠道疾病：孕妇若食用了不干净或冰冷刺激食物，可能导致肠炎。主要表现为肚子阵痛，同时伴有拉肚子症状。这种情况需要及时止泻治疗，因为严重腹泻可能诱发流产。
2.（1）不洁食物可能携带病菌等有害物，刺激肠道引发炎症。
2.（2）冰冷刺激食物也会对胃肠道造成不良影响。
总之，建议孕妇及时前往医院进行系统检查，先明确发病原因，再依据病因选择合适的治疗方法，并严格遵医嘱进行治疗。