尿路感染反复发作可能有多种原因。据相关研究，大约有30%左右的尿路感染患者会出现反复发作的情况。
病原体未彻底清除
细菌耐药性： 如果引起尿路感染的细菌对所用抗生素产生了耐药性，就容易导致感染反复。比如大肠埃希菌，若长期使用单一抗生素，就可能逐渐产生耐药，使得药物无法有效杀灭细菌，从而引发反复发作。病原体隐藏： 有些病原体可能隐藏在泌尿系统的特殊部位，像肾盂肾盏等较深的结构中，普通的抗生素难以到达这些部位将其彻底清除，当机体抵抗力下降时，病原体就会再次活跃，导致感染复发。
尿路结构或功能异常
尿路梗阻： 例如存在尿路结石、前列腺增生等情况，会阻碍尿液的正常排出，使尿液在尿路中潴留，为细菌的生长繁殖提供了有利环境，容易造成尿路感染反复发作。一般来说，尿路梗阻持续存在，感染复发的几率会明显增加。膀胱输尿管反流： 这是一种先天性或后天性的尿路结构异常，尿液从膀胱反流回输尿管甚至肾盂，使得细菌容易在局部定植并难以清除，进而导致尿路感染反复发生。
机体免疫力低下
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体的免疫力相对较低，白细胞的吞噬功能受到影响，容易发生尿路感染且难以治愈，病情容易反复。研究发现，血糖长期高于8.3mmol/L的糖尿病患者，尿路感染反复发作的概率比血糖控制良好者高很多。长期使用免疫抑制剂者： 像接受器官移植后长期使用免疫抑制剂的患者，其免疫系统功能受到抑制，对病原体的抵御能力减弱，尿路感染容易反复出现，而且感染后的治疗也相对困难。