乳头凹陷主要是由多种原因引起的，其中先天性因素较为常见，约有20%的女性存在一定程度的乳头凹陷情况。
先天性发育异常
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致导管短缩，对乳头产生牵拉作用，使得乳头不能正常突出，而是向内凹陷。这种情况从出生时可能就存在一定的端倪，但可能随着生长发育才逐渐明显。乳头、乳晕平滑肌发育不良： 乳头内部的平滑肌发育不完善，无法正常发挥作用来支撑乳头使其突出。平滑肌的异常会影响乳头的正常形态，导致凹陷发生。
疾病因素
乳腺疾病： 某些乳腺疾病也可能引发乳头凹陷，比如乳腺癌。乳腺癌组织如果浸润到乳腺导管、韧带等结构，会引起导管缩短、韧带挛缩，进而牵拉乳头导致凹陷。一般来说，这种情况除了乳头凹陷外，可能还会伴有乳房皮肤橘皮样改变、乳房肿块等其他症状。感染性疾病： 乳房部位的感染性病变，如乳腺炎等，如果没有得到及时有效的治疗，炎症长期刺激可能会影响乳头周围组织的正常结构和功能，导致乳头凹陷。
衣着因素
过紧的内衣： 长期穿着过于紧身的内衣，尤其是在青春发育期，乳房还在发育阶段时，如果内衣过紧，会紧紧包裹乳房，限制乳头部位的正常发育，使得乳头受到压迫而逐渐凹陷。例如，一些少女为了追求身材苗条，过早穿着过于紧身的内衣，就容易增加乳头凹陷的风险。不合适的胸罩佩戴： 胸罩佩戴方法不正确或者胸罩选择不当，比如胸罩的尺码不合适，过小的胸罩会对乳头造成持续的压迫，影响乳头的正常突出。长时间这样，就可能导致乳头凹陷的情况出现。