乳头凹陷的原因有多种。其中，先天性因素较为常见，约有10%的少女会出现不同程度的乳头凹陷情况。
先天性发育异常
乳腺导管短缩： 胚胎发育时期，乳腺导管发育出现异常，导致乳腺导管短缩，进而牵拉乳头，引起乳头凹陷。一般从青春期开始就能发现乳头有凹陷趋势，且多为双侧发病。乳头平滑肌发育不良： 乳头由平滑肌等组织构成，若乳头平滑肌发育不良，会使乳头内陷。这种情况在乳房尚未完全发育成熟时就可能显现。
疾病因素
乳房肿瘤： 乳房内的肿瘤，如乳腺癌，当肿瘤组织侵犯乳腺导管、韧带等结构时，会导致乳头回缩凹陷。例如，乳腺癌患者中约有5% - 10%会出现乳头凹陷的症状，且往往是单侧乳头凹陷，同时可能伴有乳房皮肤橘皮样改变、乳房肿块等表现。乳腺炎症： 乳腺的急慢性炎症也可能引发乳头凹陷。比如乳腺炎，炎症刺激会导致乳腺组织粘连、挛缩，从而牵拉乳头使其凹陷。炎症引起的乳头凹陷通常伴有乳房红肿、疼痛等症状。
穿着因素
内衣过紧： 长期穿着过紧的内衣，尤其是青春期女性为追求身材曲线而穿着过紧的胸罩，会压迫乳头，影响乳头正常发育，导致乳头凹陷。特别是15 - 18岁的青少年，长期穿着不合适的内衣更容易出现这种情况。束胸： 一些特殊职业或个人偏好束胸的人群，长期束胸会限制乳房正常发育，包括乳头的正常生长，进而引发乳头凹陷。束胸时间越长，乳头凹陷的可能性越大。