孕酮是卵巢黄体分泌的天然孕激素，怀孕40天孕酮16ng/ml能否保住胎儿需依自身及胎儿情况判断。具体如下：
一、能保住胎儿：孕妇怀孕后孕酮通常大于25ng/ml，怀孕40天孕酮16ng/ml表明孕酮偏低。若此时孕妇未出现其他不适症状，可在医生指导下服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊、孕康口服液等药物进行治疗。同时孕妇日常要多注意休息，经积极治疗后，通常是能保住胎儿的。
二、不能保住胎儿：若怀孕40天孕酮16ng/ml且孕妇还伴有不规律流血、下腹部疼痛等先兆流产症状，若不及时治疗，可能导致胚胎停止发育，这种情况下往往难以保住胎儿，此时一般需要通过负压吸引术来终止妊娠。
总之，怀孕40天孕酮16ng/ml时胎儿的去留情况较为复杂，要综合多方面因素来判断和处理。