玫瑰糠疹的发病原因目前尚不十分明确，多认为与病毒感染有关，比如人类疱疹病毒6型、7型感染可能是引发玫瑰糠疹的重要原因之一，有研究显示约半数以上的玫瑰糠疹患者在发病前曾有上呼吸道感染史。
与病毒感染的关联
人类疱疹病毒6型： 大量研究发现，玫瑰糠疹患者血清中针对人类疱疹病毒6型的抗体阳性率明显高于健康人群，这提示人类疱疹病毒6型感染可能参与了玫瑰糠疹的发生发展过程。人类疱疹病毒7型： 也有研究表明人类疱疹病毒7型感染也与玫瑰糠疹存在一定关联，当人体感染这类病毒后，免疫系统被激活，可能引发一系列免疫反应，从而导致玫瑰糠疹的出现。
与免疫因素的关系
细胞免疫参与： 玫瑰糠疹患者的病变部位存在T淋巴细胞的浸润，说明细胞免疫在玫瑰糠疹的发病中起到了作用。T淋巴细胞被激活后会释放一些细胞因子，这些细胞因子可能会引起皮肤的炎症反应，进而导致玫瑰糠疹皮疹的出现。体液免疫变化： 部分玫瑰糠疹患者血清中的免疫球蛋白会发生改变，比如免疫球蛋白G、免疫球蛋白M等可能会出现异常升高的情况，这也反映了机体免疫状态的失衡与玫瑰糠疹的发生有关。
与遗传因素的潜在联系
家族聚集性： 有一定的研究发现，玫瑰糠疹存在一定的家族聚集现象，如果家族中有亲属患有玫瑰糠疹，那么其他家族成员患玫瑰糠疹的风险可能会相对增高，这提示遗传因素可能在玫瑰糠疹的发病中起到了一定作用，但具体的遗传机制还需要进一步深入研究来明确。