先天性肛门闭锁手术后通常会有后遗症。
一、先天性肛门闭锁手术后可能出现的后遗症包括：
1.术后局部感染：这是较为常见的情况。
2.肛管直肠黏膜组织外翻：会刺激肛门局部皮肤，引发潮湿、瘙痒、刺痛等症状。
3.肛门失禁：患者无法自主控制粪便排出。
二、先天性肛门闭锁手术后的注意事项有：
1.合理使用抗生素药物，如阿莫西林分散片、注射用硫酸链霉素等，以预防感染。
2.保持肛门局部清洁。
3.在早期可适当进行扩肛等操作，避免肛门狭窄的发生，从而减少术后并发症。
患者若身体不适，需及时就医并谨遵医嘱，避免因治疗不规范导致严重后果。在治疗期间，若症状未缓解甚至加重，或出现新的症状，应及时前往医院就诊。以上药物需在医生指导下使用。
总之，先天性肛门闭锁手术后易有后遗症，术后要做好相关护理和注意事项，密切关注身体变化，有异常及时处理。