先天性肛门闭锁是一种比较常见的先天性消化道畸形，若治疗不及时或治疗不当，可能会留下一些后遗症。以下是一些可能的后遗症：
1.大便失禁：由于肛门括约肌或其支配神经损伤，导致患儿不能控制排便，出现大便失禁的情况。
2.肛门狭窄：肛门闭锁术后，局部可能会形成瘢痕，导致肛门狭窄，影响排便。
3.肛门畸形：肛门闭锁的手术治疗难度较大，术后可能会出现肛门位置异常、肛门狭窄等畸形。
4.其他并发症：如直肠尿道瘘、直肠阴道瘘等。
需要注意的是，并不是所有的先天性肛门闭锁患儿都会留下后遗症，具体情况与多种因素有关，如病情的严重程度、治疗方法的选择、术后的护理等。如果孩子被诊断为先天性肛门闭锁，家长应积极配合医生进行治疗，并注意术后的护理，以降低后遗症的发生风险。同时，定期带孩子进行复查，以便及时发现和处理可能出现的问题。如果对孩子的病情有任何疑问，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和指导。