扁平疣的最佳治疗方法包括以下几种：
1.外用药物：
角质促成剂：如5%-10%水杨酸、5%-10%甲醛溶液等，可以促进扁平疣角质层的剥脱，从而使疣体脱落。
角质松解剂：如0.1%维A酸乳膏、5%咪喹莫特乳膏等，可以松解疣体，使其更容易脱落。
抗病毒药物：如3%酞丁胺霜、0.05%维A酸乳膏等，可以抑制病毒的复制，从而治疗扁平疣。
2.物理治疗：
冷冻治疗：利用低温使疣体坏死脱落，适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。
激光治疗：利用激光的高温使疣体碳化、气化，适用于扁平疣数量较少、疣体较大的患者。
电灼治疗：利用电流产生的高温使疣体碳化、气化，适用于扁平疣数量较少、疣体较大的患者。
3.免疫调节剂：
卡介菌多糖核酸：可以调节机体的免疫功能，增强机体对扁平疣病毒的抵抗力，从而治疗扁平疣。
干扰素：可以抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能，从而治疗扁平疣。
4.中医中药：
清热解毒法：适用于扁平疣疣体发红、发热、瘙痒的患者，常用药物有金银花、连翘、蒲公英等。
活血化瘀法：适用于扁平疣疣体颜色发紫、发黑的患者，常用药物有桃仁、红花、赤芍等。
需要注意的是，扁平疣的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如扁平疣的数量、大小、分布部位、患者的年龄、健康状况等。同时，患者在治疗期间应注意保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，以免引起疣体的扩散。如果扁平疣治疗不当或不及时，可能会导致疣体增多、增大，甚至恶变。因此，如果患者发现扁平疣，应及时就医，在医生的指导下选择合适的治疗方法。