扁平疣最佳治疗办法需根据个体情况选择，一般可采用药物治疗、物理治疗等。通常药物治疗中常用的有维A酸类药物等，而物理治疗包括冷冻、激光等方式。
药物治疗方面
外用药物： 维A酸类药物是常用的外用治疗扁平疣的药物，它可以调节细胞分化，抑制角质形成细胞的增殖。比如0.1%维A酸乳膏，能改善扁平疣的症状，但使用时要注意避免接触正常皮肤，可能会有局部刺激反应，如红肿、脱屑等。免疫调节剂： 还有一些免疫调节剂也可用于扁平疣的治疗，如干扰素凝胶，它可以通过调节机体免疫功能来发挥作用，不过使用过程中可能会出现局部瘙痒、灼痛等不适。
物理治疗方式
冷冻治疗： 这是比较常用的物理治疗方法，利用低温使疣体坏死脱落。一般冷冻一次可能需要数分钟，治疗后局部会出现水疱、结痂，大约1 - 2周结痂脱落。但冷冻治疗可能会有疼痛，且对于较大的疣体可能需要多次治疗。激光治疗： 激光能直接气化疣体，治疗过程相对较快。不过激光治疗后局部会有创面，需要注意保持创面清洁，避免感染，而且也存在复发的可能，费用相对冷冻治疗可能会高一些。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体接种到其他部位，使皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。增强免疫力： 日常生活中要注意保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，一般成年人每天建议7 - 8小时的睡眠时间，同时要均衡饮食，多摄入富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等，以增强身体免疫力，有助于扁平疣的恢复。