肛门上有小肉疙瘩疼，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔可脱出肛门外，有时可伴有疼痛。
2.肛裂：肛管皮肤全层裂伤后形成的小溃疡，可引起肛门疼痛。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可出现肛门疼痛、肿胀。
4.肛乳头炎：主要表现为肛门内发胀、疼痛，有异物感。
5.肛管直肠癌：肛门周围癌，多合并感染，疼痛是主要症状。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.调整饮食：增加膳食纤维的摄入，多饮水，避免辛辣刺激性食物。
2.养成良好的排便习惯：保持大便通畅，避免便秘和腹泻。
3.注意个人卫生：保持肛门清洁，便后清洗肛门。
4.坐浴：用温水坐浴，促进肛门局部血液循环。
5.药物治疗：可使用痔疮膏、痔疮栓等药物缓解症状。
6.就医治疗：如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体治疗方法应根据个人情况在医生的指导下选择。