脑干血栓的预后与多种因素相关，部分患者经过及时、规范的治疗可获得不同程度的恢复，但完全治好存在个体差异。
一、与血栓范围及部位有关
若脑干血栓范围较小，且未累及关键功能区域，相对更有可能通过治疗改善症状，预后较好；反之，若血栓范围大，累及重要神经功能区域，治疗难度大，预后往往较差。
二、与治疗时机有关
发病后能尽早接受有效治疗，如在溶栓时间窗内进行溶栓等治疗，有助于挽救脑组织，改善预后，治好的可能性相对更高；若就诊时间晚，错过最佳治疗时机，会影响预后。
三、与患者自身状况有关
年轻、基础健康状况良好、没有其他严重并发症的患者，在脑干血栓治疗中往往更具优势，恢复相对较好；而老年患者、本身有多种基础疾病（如高血压、糖尿病等）的患者，治疗难度增加，预后可能受一定影响。
四、康复治疗的影响
发病后积极进行规范的康复治疗，有助于促进神经功能恢复，改善患者的生活质量，对脑干血栓的预后有重要作用，能提高治好的可能性及恢复程度。