阴茎根部有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.皮脂腺异位症：
病因：皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。
症状：一般无自觉症状，也不会出现疼痛或瘙痒等不适。通常发生于青春期后，好发于口腔黏膜、阴茎龟头、阴唇及包皮内侧面，多为淡黄色或淡白色小丘疹。
治疗：通常不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
2.传染性软疣：
病因：由传染性软疣病毒感染引起。
症状：表现为半球形丘疹，有蜡样光泽，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
治疗：可通过刮除、镊子夹出等方式去除疣体，也可使用冷冻、激光等方法治疗。
3.尖锐湿疣：
病因：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起。
症状：初起为小而柔软的淡红色丘疹，逐渐增大增多，形成菜花状、鸡冠状等赘生物。
治疗：可通过物理治疗、药物治疗、手术治疗等方法去除疣体，同时配合抗病毒药物治疗，以减少复发。
4.珍珠状阴茎丘疹：
病因：病因不明，可能与生理发育变异、局部刺激等有关。
症状：表现为阴茎冠状边缘和冠状沟出现珍珠状、半透明丘疹，丘疹无压痛、无破溃。
治疗：一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方式去除。
5.其他：
阴茎根部的小疙瘩还可能是脂肪瘤、纤维瘤、梅毒疹等原因引起。
若发现阴茎根部有小疙瘩，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓、挤压，以免引起感染。