手掌骨头突出的处理需根据不同原因来定。如果是正常的解剖结构差异导致的手掌骨头突出，一般无需特殊处理。但如果是疾病引起的手掌骨头突出，就要针对性处理。
外伤导致的骨头突出
骨折引起： 若因外伤导致手掌骨头骨折出现突出，需及时就医。一般轻度骨折可能需要手法复位后用石膏固定，固定时间通常为4~6周，之后进行康复训练。严重的骨折可能需要手术治疗，通过钢板等内固定装置恢复骨头正常位置。软组织损伤后肿胀： 外伤后手掌骨头周围软组织损伤肿胀也可能看起来骨头突出。受伤后应在24小时内进行冷敷，每次15~20分钟，每天3~4次，可减轻肿胀；24小时后改为热敷，促进血液循环，帮助消肿。
关节炎导致的骨头突出
骨关节炎： 多见于中老年人，关节软骨退变磨损，导致骨质增生，出现手掌骨头突出。可以通过物理治疗，如热敷、按摩等缓解症状，热敷温度一般控制在40~50℃，每次15~20分钟。也可使用非甾体抗炎药缓解疼痛，如布洛芬等，但需注意这类药物可能有胃肠道刺激等副作用。类风湿关节炎： 是自身免疫性疾病，会侵蚀关节，导致手掌骨头变形突出。患者需要规范治疗，使用抗风湿药物，如甲氨蝶呤等，同时要注意关节的保暖，避免受寒，平时可进行适度的手指关节活动度练习，但要避免过度劳累。
先天性因素导致
有些人生来可能就存在手掌骨头发育异常导致突出。如果没有引起疼痛等不适症状，一般不需要治疗，但要定期观察。如果出现手部功能受限等情况，可能需要手术矫正，手术时机需根据具体病情由医生评估，一般儿童时期如果影响生长发育可能需要尽早手术。