阴茎畸形的治疗方式需根据具体类型而定，比如先天性阴茎弯曲，轻度的可通过物理矫正等方法，而严重的可能需要手术治疗。一般来说，手术是矫正阴茎畸形的主要手段之一，不同类型的阴茎畸形手术方式不同，费用也有差异，大概在数千元到上万元不等。
先天性阴茎弯曲的治疗
轻度弯曲的观察与矫正：对于一些轻度的先天性阴茎弯曲，在儿童时期可以尝试通过手法按摩等物理方法进行一定程度的矫正，但效果有限。重度弯曲的手术矫正：当弯曲程度较重，影响到性生活等功能时，通常需要进行手术矫正。手术方式有多种，比如阴茎白膜折叠术等，通过对阴茎白膜的调整来纠正弯曲的角度。
阴茎短小的治疗
非手术方法的局限性：目前没有非常有效的非手术方法能显著增加阴茎长度。一些所谓的保健品等往往没有科学依据能真正起到增大阴茎的作用。手术治疗方式：阴茎延长术是治疗阴茎短小的常见手术方法。手术是通过切断阴茎悬韧带等措施来使阴茎部分延长，但手术有一定风险，如可能影响勃起功能等，需要谨慎考虑。
阴茎扭转的治疗
轻度扭转的处理：如果阴茎扭转程度较轻，不影响排尿、性生活等功能，可以先进行观察，定期复查。重度扭转的手术矫正：当阴茎扭转程度较重，影响到正常的生理功能时，需要通过手术进行矫正。手术主要是将扭转的阴茎海绵体白膜进行调整，恢复阴茎的正常解剖位置。
蹼状阴茎的治疗
手术矫正为主：蹼状阴茎主要通过手术来治疗。手术的目的是分离融合的皮肤，使阴茎恢复正常的形态。手术一般在儿童期或青春期进行较为合适，通过手术可以改善阴茎的外观和功能，提高患者的生活质量。