三个月婴儿有痰咕噜咕噜的情况，可能与支气管炎、肺炎等有关，应及时就医明确具体原因后进行处理，处理方式包括一般治疗、药物治疗以及其他治疗。具体如下：
一、一般治疗
1.三个月婴儿有痰咕噜咕噜时，需多喝温开水来稀释痰液。
2.可适当通过拍背促进排痰，将手掌呈空杯状，避开中间脊柱，由下而上、由两侧向中间拍背。
3.同时要避免喝糖水这类较为黏稠的液体，以防加重有痰症状。
二、药物治疗
1.需要在医生指导下使用小儿化痰止咳颗粒、小儿咳嗽糖浆等药物进行祛痰治疗。
2.同时要根据病因选择合适药物消炎，如阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等药物用于消炎，抗病毒口服液、磷酸奥司他韦颗粒等药物进行抗病毒治疗，罗红霉素颗粒、阿奇霉素片等药物治疗支原体或衣原体感染。
三、其他治疗
1.如果经一般治疗和药物治疗后，宝宝的症状仍未缓解，需在医生指导下配合雾化吸入乙酰半胱氨酸雾化吸入溶液、吸入用盐酸氨溴索溶液等药物来稀释痰液。
2.必要时采取电动吸痰术吸取呼吸道的痰液。
总之，对于三个月婴儿有痰咕噜咕噜的情况，要重视并根据具体情况选择合适的治疗方法，以改善症状。