口腔粘膜疾病的诱因较多，比如感染因素就较为常见，像单纯疱疹病毒可引发口腔单纯疱疹，约有60% - 90%的成人曾感染过该病毒，初次感染多为原发性，常见于6个月 - 2岁的婴幼儿，之后病毒潜伏在体内，当机体抵抗力下降时就会复发。
局部刺激因素
机械性刺激： 牙齿的残冠、残根、锐利的牙尖等会长期摩擦口腔黏膜，比如有的患者牙齿有尖锐的边缘，长期刺激对应部位的黏膜，就可能导致黏膜糜烂、溃疡，时间久了还可能发展为黏膜白斑等病变。化学性刺激： 长期误服强酸、强碱等腐蚀性物质，或者长期使用有刺激性的药物，像一些含漱液浓度过高，都可能损伤口腔黏膜，引起黏膜充血、糜烂等问题。
全身系统性疾病因素
营养不良： 当人体缺乏维生素B2、维生素A等营养物质时，容易出现口腔黏膜疾病。比如维生素B2缺乏时，可能会发生口角炎、唇炎、舌炎等；维生素A缺乏时，口腔黏膜会变得干燥、角化，容易发生溃疡等病变。内分泌紊乱： 女性在月经周期、妊娠期等特殊时期，体内激素水平变化较大，可能引发口腔黏膜病变。例如有的女性在月经前会出现口腔黏膜溃疡复发加重的情况；妊娠期女性可能出现牙龈增生、口腔黏膜充血等症状。
免疫因素
自身免疫性疾病： 像天疱疮就是一种自身免疫性口腔黏膜疾病，患者自身免疫系统错误地攻击口腔黏膜细胞，导致黏膜出现水疱、糜烂等症状，病情严重时会影响患者的进食、说话等功能。免疫功能低下： 长期患有慢性疾病、接受放化疗、艾滋病患者等免疫功能低下人群，容易受到各种病原体侵袭，引发口腔黏膜感染性疾病，如念珠菌性口炎，这类患者口腔内会出现白色假膜，伴有疼痛、口干等症状。