婴儿湿疹的病因较为复杂，通常与多种因素相关。据研究，约60%的婴儿湿疹与遗传因素有关，如果父母双方有一方曾患过敏性疾病，如哮喘、过敏性鼻炎等，婴儿患湿疹的概率会明显增加。
遗传因素影响
家族过敏史关联： 如果家族中有成员患有过敏性疾病，像父母一方有过敏性鼻炎或者哮喘，那么婴儿发生湿疹的可能性就会升高。这是因为遗传基因会传递过敏相关的易感性，使得婴儿的免疫系统更容易出现异常反应，从而引发湿疹。基因多态性作用： 婴儿自身的基因多态性也会影响湿疹的发生。某些特定基因的变异可能会改变皮肤的屏障功能等，导致皮肤更容易受到外界刺激而引发湿疹。
皮肤屏障功能异常
皮肤角质层问题： 婴儿的皮肤角质层相对较薄，锁水能力较差。正常情况下，角质层能够很好地防止水分流失和外界物质的侵入，但婴儿的角质层发育不完善，就容易使皮肤水分丢失，同时外界的一些刺激物质如灰尘、花粉等更容易进入皮肤，引发炎症反应，导致湿疹。皮肤油脂分泌情况： 婴儿皮肤表面的油脂分泌量也与湿疹有关。油脂可以在皮肤表面形成一层保护屏障，若油脂分泌不足，皮肤的保护屏障就会减弱，使得皮肤更容易受到刺激，增加湿疹的发病风险。
免疫功能失调
Th1/Th2细胞失衡： 婴儿的免疫系统处于发育阶段，容易出现Th1/Th2细胞失衡。正常情况下Th1和Th2细胞保持平衡来维持免疫稳定，但婴儿时期这种平衡容易被打破，当Th2细胞占优势时，就会引发过度的免疫反应，导致皮肤出现炎症，引发湿疹。免疫球蛋白异常： 婴儿体内免疫球蛋白的水平也可能出现异常。例如免疫球蛋白E（IgE）水平升高时，会参与过敏反应，促使肥大细胞等释放炎症介质，进而导致皮肤发生湿疹样改变。
外部环境刺激
气候变化影响： 季节更替时的气候变化对婴儿湿疹有影响。比如在干燥的秋冬季节，空气湿度低，婴儿皮肤水分流失加快，皮肤屏障功能更容易受损，从而诱发湿疹；而在炎热潮湿的夏季，皮肤容易出汗，汗液刺激皮肤也可能引发湿疹。接触过敏原： 婴儿接触到一些过敏原也会引发湿疹。常见的过敏原包括尘螨、动物毛发、某些食物（如牛奶、鸡蛋等）。尘螨微小，容易附着在婴儿的被褥、衣物等上面，婴儿接触后就可能引起皮肤的过敏反应，出现湿疹症状；食用牛奶或鸡蛋等食物后，通过消化吸收，也可能引发身体的免疫反应，表现在皮肤上就是湿疹。