婴儿湿疹的病因较为复杂，通常与遗传、皮肤屏障功能异常以及过敏等因素相关。据研究，约60%的婴儿湿疹患儿有家族过敏史。
遗传因素方面
家族过敏史影响： 如果父母一方或双方有过敏性疾病，比如哮喘、过敏性鼻炎等，婴儿患湿疹的概率会明显增加。有数据显示，父母双方都有过敏史时，婴儿湿疹的发生率能达到70%左右。基因易感性： 婴儿自身的基因也可能存在易感性，使得皮肤更容易出现湿疹相关的病理改变，比如皮肤的免疫调节功能可能出现异常，导致对各种刺激的反应过度，引发湿疹。
皮肤屏障功能异常方面
皮肤角质层发育不完善： 婴儿的皮肤角质层比较薄，锁水能力较差，在出生后的一段时间内，皮肤的屏障功能还没有完全发育成熟。一般婴儿在出生后1 - 2个月时，皮肤屏障功能相对更弱，更容易受到外界因素的影响而引发湿疹。皮脂分泌不足： 婴儿皮肤表面的皮脂分泌量较少，皮脂可以在皮肤表面形成一层保护膜，皮脂不足就会使皮肤的保护作用减弱，外界的刺激物容易侵入皮肤，从而诱发湿疹。
过敏因素方面
食物过敏： 对于婴儿来说，食物过敏是引发湿疹的常见原因之一。比如牛奶、鸡蛋、鱼虾等食物中的蛋白质，可能会引起婴儿的过敏反应，进而导致湿疹。有些婴儿在食用牛奶后数小时至数天内就可能出现湿疹加重的情况。吸入性过敏原： 空气中的花粉、尘螨、动物毛发皮屑等吸入性过敏原也可能导致婴儿湿疹。例如尘螨，它普遍存在于室内的灰尘中，婴儿接触后可能引发过敏反应，使得皮肤出现湿疹样改变。