扁桃体发炎严重时可能引发多种问题。比如，炎症可能向周围组织蔓延，导致扁桃体周围脓肿，这种情况约1% - 2%的扁桃体炎患者可能出现。
引发邻近器官感染
咽旁脓肿： 扁桃体炎症可波及咽旁间隙，引发咽旁脓肿。患者会出现发热、咽痛加重，伴有颈部疼痛、吞咽困难等症状，严重时颈部活动受限。中耳炎： 扁桃体发炎时，细菌或病毒可通过咽鼓管蔓延至中耳，引起中耳炎。表现为耳痛、听力下降、耳鸣等，儿童相对更易发生，因为其咽鼓管短而宽。
导致全身并发症
风湿热： 一般在扁桃体炎发作后2 - 3周出现，是A组乙型溶血性链球菌感染后引起的自身免疫性疾病。可累及心脏、关节等，出现发热、关节肿痛（以大关节为主，如膝关节、踝关节）、心悸、胸闷等症状，若累及心脏，可能影响心脏瓣膜，导致风湿性心脏病。急性肾炎： 多在扁桃体炎发病后1 - 3周发生，主要表现为水肿（初期多为眼睑、面部水肿，严重时可波及全身）、血尿（尿液呈洗肉水样或镜下可见大量红细胞）、高血压等，儿童患急性肾炎与扁桃体炎关系较为密切。
出现败血症等严重情况
败血症： 当扁桃体炎致病菌毒力强，机体抵抗力低下时，细菌可进入血液循环，引发败血症。患者会有高热、寒战、皮肤瘀点、肝脾肿大等表现，病情严重时可出现感染性休克，危及生命。不过这种情况相对较少见，但一旦发生后果严重。