扁桃体发炎严重时，可在医生的指导下使用以下药物进行治疗：
1.抗生素：如青霉素、头孢菌素等，可有效抑制细菌感染，缓解炎症。
2.解热镇痛药：如对乙酰氨基酚、布洛芬等，可缓解发热、咽痛等症状。
3.糖皮质激素：如泼尼松、地塞米松等，可减轻炎症反应，缓解症状。
4.中药：如双黄连口服液、清开灵颗粒等，具有清热解毒的作用，可缓解扁桃体发炎的症状。
需要注意的是，使用药物治疗扁桃体发炎时，应遵循医生的建议，按照剂量和疗程服用。同时，还应注意休息，多喝水，避免食用辛辣、刺激性食物。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。