疱疹性咽峡炎是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹、溃疡为特征的疾病，一般病程在1周左右。治疗上主要是对症处理，常用的药物有以下这些。
常用对症药物
退烧药：如果患者有发热症状，体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，儿童可以用儿童剂型。另外，布洛芬也可用于退热，它作用相对持久一些。缓解咽痛药物：对于咽痛明显的患者，可以使用含漱液，如生理盐水含漱能清洁口腔，减轻不适；也可以使用一些含片，像西地碘含片，它能在唾液作用下逐渐释放出碘，有杀菌抗感染的作用。
抗病毒药物使用情况
一般不常规用抗病毒药：大多数疱疹性咽峡炎是由柯萨奇病毒等肠道病毒引起，属于自限性疾病，一般不需要常规使用抗病毒药物。但如果是重症患者或怀疑有特殊病毒感染，可能会用到干扰素等，但这类药物使用有严格的适应证，需由医生判断后使用。
特殊人群用药注意
儿童用药：儿童患疱疹性咽峡炎时，使用退烧药要注意按照体重计算剂量。比如对乙酰氨基酚，儿童常用剂量是每次10-15mg/kg，每4-6小时可重复使用，24小时内不超过5次。而且儿童使用含片等要小心，避免误吞。孕妇用药：孕妇患疱疹性咽峡炎时，用药更要谨慎。退烧药一般首选对乙酰氨基酚，使用前需咨询医生，因为要考虑对胎儿的影响。抗病毒药物在孕妇中的使用需严格评估利弊，通常能不用就尽量不用。
日常护理配合用药
休息与饮食：患者患病期间要注意休息，保证充足睡眠。饮食上要吃清淡、易消化的食物，比如米粥、面条等，避免吃辛辣、刺激性食物，以免加重咽痛。同时要多喝水，保持口腔湿润，这也有助于病情恢复，配合药物治疗能让身体更快康复。