孢子丝菌病主要是由申克孢子丝菌引起的。申克孢子丝菌广泛存在于自然界中，比如土壤、植物、树皮等环境里。当皮肤有破损时，就容易接触到这种真菌从而引发感染。
感染途径一：皮肤直接接触
皮肤微小破损接触：人的皮肤如果有微小的擦伤、刺伤等破损情况，当接触到含有申克孢子丝菌的土壤、带菌植物等，申克孢子丝菌就有可能通过这些破损处侵入皮肤。例如，在园艺劳作时，手部皮肤被带菌的树枝等划伤，就增加了感染孢子丝菌病的风险。职业相关接触：一些特定职业的人群接触风险较高，像农民、园艺工人、木材加工工人等，他们在工作过程中频繁与土壤、植物、木材等接触，皮肤接触到申克孢子丝菌的机会更多，也就更易患上孢子丝菌病。
感染途径二：通过黏膜感染
呼吸道黏膜感染：虽然相对少见，但当含有申克孢子丝菌的微小颗粒通过空气进入呼吸道，并且附着在呼吸道黏膜上时，也可能引起感染。不过这种情况发生的概率比较低，一般多见于免疫力低下的人群，或者在特定的高浓度孢子丝菌环境中暴露时间较长的人。消化道黏膜感染：理论上，如果摄入了含有申克孢子丝菌的被污染食物，可能会通过消化道黏膜感染，但实际中这种感染途径非常罕见，因为人体的消化道有一定的防御机制，而且申克孢子丝菌一般不太容易通过消化道黏膜大量侵入人体引发感染。
感染与机体免疫状态的关系
免疫力正常人群：免疫力正常的人接触申克孢子丝菌后，机体的免疫系统通常能在一定程度上抵御真菌的侵袭，但如果皮肤破损较严重或者接触的孢子丝菌数量较多时，就有可能突破免疫防线引发感染。比如一个免疫力正常的人手部有较深的伤口，又接触了大量带菌的土壤，就可能患上孢子丝菌病。免疫力低下人群：像患有糖尿病、艾滋病等疾病的人，或者长期使用免疫抑制剂的人，他们的机体免疫力下降，更容易受到申克孢子丝菌的感染，而且感染后病情可能相对更严重，治疗也会相对困难一些。例如艾滋病患者由于免疫系统被严重破坏，一旦感染孢子丝菌病，病情往往发展较快，治疗效果也可能不如免疫力正常的人。