孢子丝菌病主要是由申克孢子丝菌感染引起的。申克孢子丝菌广泛存在于土壤、植物、木材等环境中，人体接触被该真菌污染的物质后，就可能被感染发病。
感染途径一：皮肤直接接触感染
外伤是关键因素： 当皮肤有微小伤口时，比如被带菌的植物刺扎伤、擦伤等，申克孢子丝菌就容易通过这些伤口侵入皮肤。例如，在园艺劳作时，手部被带菌的树枝划伤，就增加了感染孢子丝菌病的风险。接触带菌物体： 接触被申克孢子丝菌污染的土壤、木材、毛发等物体后，若皮肤有破损，也会感染。比如从事木材加工的工人，长时间接触带菌木材，若手部皮肤有细微破损，就较易感染发病。
感染途径二：黏膜感染
呼吸道黏膜感染： 吸入带有申克孢子丝菌的尘埃等，可能会引起呼吸道黏膜感染。虽然这种情况相对少见，但在特定环境中，比如孢子丝菌污染严重的工作场所，长期吸入含菌尘埃，就可能引发呼吸道相关的孢子丝菌病。消化道黏膜感染： 摄入被申克孢子丝菌污染的食物或水，可能会导致消化道黏膜感染。不过，这种感染途径比较罕见，一般是在特殊情况下，比如水源或食物被严重污染且人体免疫力较低时才可能发生。
感染途径三：血液播散感染
免疫力低下人群易发生： 当人体免疫力严重低下时，比如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，申克孢子丝菌可能会通过血液播散到全身，引起全身播散性孢子丝菌病。此时，不仅皮肤会出现病变，身体其他器官也可能受到累及，如骨骼、关节、内脏等，病情相对较为严重。