三个月宝宝肚子咕噜咕噜响，可能有生理性原因，也可能有消化不良、肠炎、肠梗阻等病理性原因。
一、生理性原因：肚子咕噜咕噜响通常是肠鸣音。正常情况下，胃肠蠕动时就会有肠鸣音出现。如果宝宝没有不适表现，肚子柔软，食欲良好，排气排便也正常，那就无需特殊处理。
二、消化不良：三个月的小宝宝胃肠功能尚未发育完善。1.若受凉或喂养不规律，加重了肠胃负担，就会出现消化吸收不良的情况，肠道产气增多，从而导致肠鸣音增多，同时还可能伴有食欲下降、大便次数增多、奶瓣增多等现象。
三、肠炎：小宝宝肠胃娇弱且免疫力较低。(1)如果不注意手部卫生，或喂奶用具未及时消毒，又或是接触了患病的宝宝，就有可能被传染而引发肠炎。(2)其会表现出腹胀、肠鸣音增多、腹痛、哭闹、大便异常等症状。
四、肠梗阻：少数宝宝在胃肠炎发作期间可能引发肠梗阻，或者因大便干燥粪块堵塞而导致肠梗阻，这会出现肠鸣音亢进或肠鸣音消失的情况，并伴有排便、排气停止。这种情况需要及时到医院就诊。
所以，三个月小宝宝肚子咕噜咕噜响不一定意味着有问题，但如果伴有其他不适症状，就需要根据具体情况进行判断并对症治疗，要在医生的指导下进行处理。
总结概况提示：对于三个月宝宝肚子咕噜响的情况，要区分是生理性还是病理性，重点关注宝宝是否有其他伴随症状，以便准确判断并采取适宜的措施。