一般情况下，早上起来肚子疼的原因可能包括受凉、肠道菌群失调、急性肠胃炎等。
一、受凉：主要是由于患者晚上睡觉时腹部受寒。腹部受凉会致使腹部内壁血管收缩，引发痉挛，从而出现早上起来肚子疼这一症状。
1.具体机制：当腹部受到寒冷刺激后，血管会发生收缩反应，这会影响肠道的正常蠕动和血液循环。
2.症状表现：除了肚子疼，可能还会有腹部发凉等感觉。
二、肠道菌群失调：这种情况下会加快患者肠道蠕动速度，进而导致早上起来肚子疼。同时，可能因肠道菌群失调引发便秘、腹泻、口臭等现象。
1.失调原因：可能是滥用抗生素、不良饮食习惯等导致肠道菌群平衡被打破。
2.伴随症状：便秘时排便困难、大便干结；腹泻时大便次数增多、大便稀溏；口臭则表现为口腔异味明显。
三、急性肠胃炎：如果患者在前一天进食了不洁净的食物或者刺激性食物等，就会由于细菌或病毒等的刺激而产生肚子疼症状。同时，还可能伴有恶心、呕吐、腹泻等表现。
1.感染因素：常见的有细菌如大肠杆菌等，病毒如轮状病毒等。
2.其他症状：恶心时会有胃部不适、想吐的感觉；呕吐时会将胃内物质吐出；腹泻严重时可导致脱水等情况。
其他情况如缺血性肠病等也可能致使患者早上起来肚子疼，建议患者一旦出现此症状要及时就医检查，明确病因后，在医生指导下进行相应处理。
总结概况提示：早上起来肚子疼可能由多种原因引起，受凉、肠道菌群失调、急性肠胃炎是较为常见的因素，还可能存在其他病因。出现该症状后应重视并尽快就医，以便准确诊断和合理治疗。