单纯性肛瘘复发几率较低，但如果治疗不及时发展为复杂性肛瘘，有两根或三根管时就可能复发。确切地说这不叫复发，而是可能在手术中瘘管闭合医生未发现，或者患者复发次数多导致医生难以分辨瘘管和瘢痕而出现遗漏，遗漏就必然会再犯。若肛瘘有一圈感染源，这些感染源会相继引发新的肛瘘。肛瘘复发主要就是这两个原因。因此要及时治疗肛瘘，同时增强患者抵抗力以预防复发。
一、单纯性肛瘘复发几率较低：单纯性肛瘘一般情况下复发的可能性较小。
二、治疗不及时可能出现复杂情况导致复发：
1.发展为复杂性肛瘘：当拖延治疗后可能会变成有两根或三根管的复杂性肛瘘。
2.可能出现遗漏导致再犯：手术中可能因瘘管闭合未被发现，或因患者多次复发使医生难以区分瘘管和瘢痕而遗漏，进而引发再次发作。
三、肛瘘有一圈感染源会引发新肛瘘：当存在一圈感染源时，这些感染源会不断地导致新的肛瘘产生。
总之，肛瘘要及时治疗，并且要通过增强患者抵抗力来有效预防其复发。