肛瘘通常难以自行消失。
一、肛瘘并非自限性疾病，若不进行任何医治，基本无法自行痊愈。肛瘘一经确诊，应尽快开展治疗，不然病情会逐渐趋向复杂，使治疗难度增大。肛瘘指的是处于肛门直肠周围的肉芽肿性管道，多数是由直肠肛管周围脓肿引发，当脓肿破溃或者经过切开后，于皮肤上形成外口。倘若仅有一个瘘管，这样的肛瘘叫做单纯性肛瘘，若不积极治疗，肛瘘可能会扩散至其他区域，进而发展成复杂性肛瘘。复杂性肛瘘存在多个瘘管和瘘口，其手术治疗的难度以及创伤相对较大，在手术过程中一旦有瘘管遗漏，复发的可能性会显著增加。
二、肛瘘的治疗包含保守治疗和手术治疗。保守治疗就是在对瘘管进行冲洗后，向瘘管内注入生物蛋白胶或者动物源性的生物栓剂，以实现堵塞瘘管的目的，不过这仅适用于单纯性肛瘘，且复发率较高。手术治疗是临床上治疗肛瘘常用的手段，即在消毒麻醉下进行瘘管切开或切除，并开放伤口引流。
总之，肛瘘一般不会自行消失，确诊后要及时治疗，根据具体情况选择合适的治疗方式。