胃肠间质瘤的治疗方式主要有手术治疗、靶向治疗等。对于可切除的胃肠间质瘤，手术切除是主要的治疗手段，完整切除肿瘤有望获得较好预后，早期胃肠间质瘤患者通过手术切除，5年生存率较高。
手术治疗方面
根治性手术： 适用于肿瘤局限、有完整包膜且无远处转移的患者。通过手术完整切除肿瘤及部分周围正常组织，能最大程度清除病灶。例如，对于直径较小且位置较局限的胃肠间质瘤，手术切除后复发风险相对较低。姑息性手术： 如果肿瘤无法完全切除，为缓解症状、改善患者生活质量，可考虑姑息性手术，如胃肠吻合术等，解决肿瘤引起的梗阻等问题。
靶向治疗情况
伊马替尼： 是胃肠间质瘤靶向治疗的常用药物，它能抑制肿瘤细胞的增殖信号传导通路。对于不能手术或术后复发转移的胃肠间质瘤患者，伊马替尼可以显著延长患者的无进展生存期，很多患者用药后肿瘤生长得到控制。舒尼替尼： 当患者对伊马替尼耐药或不能耐受时，舒尼替尼可作为后续治疗选择。它通过多个靶点发挥作用，抑制肿瘤血管生成和肿瘤细胞生长。
其他治疗手段
放疗： 一般作为辅助治疗手段，对于局部晚期或手术切除不彻底的胃肠间质瘤患者，放疗可在一定程度上控制肿瘤生长。但放疗的效果因个体差异有所不同，且可能会有一些副作用，如放射性肠炎等。化疗： 单纯的化疗对于胃肠间质瘤的疗效有限，通常不作为首选的治疗方式，但在某些特殊情况下，如联合靶向治疗用于晚期患者的综合治疗时可能会应用，不过总体效果不如手术和靶向治疗显著。