胃肠间质瘤的治疗方式主要有手术治疗、靶向治疗和药物治疗等。对于可切除的胃肠间质瘤，手术切除是首选治疗方法，完整切除肿瘤是提高治愈率的关键，早期胃肠间质瘤患者通过手术切除，5年生存率较高。
手术治疗方面
对于局限性胃肠间质瘤： 通常采用根治性手术切除，完整切除肿瘤及其周围部分正常组织，尽量保证切缘阴性。比如直径较小、无转移迹象的胃肠间质瘤，通过手术完整切除后，复发风险相对较低。对于无法完整切除的胃肠间质瘤： 如果肿瘤与周围组织粘连紧密等原因无法完全切除干净，可考虑姑息性手术，缓解症状，为后续治疗创造条件。
靶向治疗方面
伊马替尼： 是治疗胃肠间质瘤的常用靶向药物，它能抑制肿瘤细胞的生长和增殖。对于不能手术或术后复发转移的胃肠间质瘤患者，伊马替尼可以显著延长患者的无进展生存期，很多患者服用后肿瘤生长得到控制。舒尼替尼： 也是一种靶向药物，在伊马替尼治疗失败或不能耐受的胃肠间质瘤患者中可以使用，能起到一定的治疗作用，帮助控制病情进展。
药物治疗方面
其他辅助药物： 一些辅助药物可能用于改善患者一般状况等，但主要还是以手术和靶向治疗为主。比如在患者身体状况较差时，可能会使用一些支持对症的药物来维持患者营养等基本状况，但这不是针对胃肠间质瘤的直接治疗药物。同时，在治疗过程中需要密切监测患者的不良反应等情况，根据患者具体情况调整治疗方案。例如，服用靶向药物可能会出现一些如水肿、腹泻等不良反应，医生会根据不良反应的严重程度来决定是否调整药物剂量或采取相应的处理措施。