新生儿脑积水主要表现为头颅异常增大，一般在出生后数周或数月内头颅开始迅速增大，有的患儿头颅直径可在数周内增加1~2厘米。
头颅外观异常
头围增大： 新生儿正常头围一般在33~35厘米左右，而脑积水患儿头围会明显超出正常范围，可迅速增大，有的甚至在1个月内头围能增加2~3厘米。患儿头颅呈圆形，与身体比例失调，头大脸小。囟门改变： 前囟扩大且饱满，由于颅内压力增高，前囟张力增大，正常新生儿前囟约1.5~2厘米，脑积水患儿前囟可能达到3~4厘米甚至更大，且囟门关闭延迟。
神经系统症状
发育迟缓： 脑积水会影响新生儿神经系统发育，导致患儿运动、智力等发育落后于正常新生儿。比如正常新生儿2个月左右会抬头，脑积水患儿可能3个月甚至更晚才会抬头；在智力方面，可能对周围环境反应迟钝，对外界刺激的感知和反应能力较正常儿差。眼球运动异常： 部分患儿会出现眼球运动障碍，常见的是落日征，即双眼球下转，眼球下半部沉到下眼睑下方，好像“落日”一样。这是因为颅内压增高，压迫眼球导致的。
其他表现
呕吐： 由于颅内压升高，新生儿可能出现频繁呕吐，尤其是在吃奶后呕吐明显。呕吐物多为胃内容物，且呕吐呈喷射性，与一般的非喷射性呕吐不同。烦躁不安： 脑积水使新生儿颅内不适，会表现出烦躁不安，难以安抚，哭闹不止，睡眠也受到影响，出现睡眠不踏实等情况。