肺动脉栓塞治疗需根据病情严重程度等因素选择合适方式，一般来说，对于血流动力学稳定的患者，可采用药物治疗等方法。
药物治疗方面
抗凝药物： 常用的有普通肝素，它能通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥抗凝作用，初始治疗多需静脉给药；还有低分子肝素，比如达肝素钠等，皮下注射就行，生物利用度相对较高，出血风险比普通肝素稍低一些。溶栓药物： 像尿激酶，可激活纤溶酶原使其转变为纤溶酶，从而溶解血栓；还有重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA），能选择性地激活血栓中的纤溶酶原，快速溶解血栓，但使用时需严格掌握适应证和禁忌证，因为有出血风险。
手术治疗情况
肺动脉血栓摘除术： 适用于病情严重、肺动脉主干或主要分支大面积栓塞且内科治疗无效的患者，不过手术风险较高，需要在具备相应条件的医院，由经验丰富的医生操作。肺动脉导管碎解和抽吸血栓： 这种方法主要用于病情危重又不适合溶栓和手术取栓的患者，通过导管碎解血栓并抽吸，能一定程度上改善血流动力学。
介入治疗相关
经导管肺动脉内碎栓和抽吸血栓： 利用特殊的导管器械，在血管内直接碎解和抽吸血栓，对于部分患者可改善症状，但也有一定的操作风险和局限性。下腔静脉滤器置入： 如果患者存在易发生肺动脉栓塞的危险因素，且抗凝治疗有禁忌或抗凝治疗效果不佳时，可考虑置入下腔静脉滤器，防止下肢深静脉血栓脱落再次栓塞肺动脉，但置入滤器后也需要长期服用抗凝药物等后续处理。