肺动脉栓塞是一种比较凶险的疾病，一旦确诊需及时治疗。一般来说，治疗肺动脉栓塞常用的药物有抗凝药物等，像华法林曾是常用的抗凝药，但现在新型口服抗凝药也逐渐被广泛应用。
抗凝治疗的关键
普通肝素： 是常用的抗凝起始药物，通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性发挥作用，需监测活化部分凝血活酶时间（APTT）来调整剂量，使APTT维持在正常对照的1.5 - 2.5倍。低分子肝素： 无需常规监测凝血功能，生物利用度高、半衰期长，如依诺肝素，一般皮下注射即可，相对更方便，出血风险相对普通肝素略低。
溶栓治疗的情况
适用人群： 对于高危的肺动脉栓塞患者，也就是有明显呼吸困难、胸痛、低氧血症等表现，且超声心动图显示有右心室功能不全的患者，在发病14天内可考虑溶栓治疗。常用溶栓药物： 尿激酶和重组组织型纤溶酶原激活剂（rt - PA）。尿激酶可直接激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓；rt - PA则是选择性地激活血栓中与纤维蛋白结合的纤溶酶原，溶栓效果相对较快，但价格可能相对较高。
手术治疗的选择
肺动脉血栓摘除术： 主要用于高危肺动脉栓塞，经积极内科治疗无效的患者，手术风险较高，需要患者符合严格的手术指征，比如栓子位于主肺动脉或左右肺动脉，有严重血流动力学障碍等情况。肺动脉导管碎解和抽吸血栓： 适用于病情严重、不适宜溶栓或溶栓禁忌的患者，通过导管将血栓碎解并抽吸出来，改善肺动脉血流情况，但也有一定的操作风险和局限性。
其他治疗要点
一般支持治疗： 患者需绝对卧床休息，密切监测生命体征，如呼吸、心率、血压等。对于有低氧血症的患者，需要给予吸氧，维持血氧饱和度在90%以上。如果患者有右心功能不全，可能需要使用正性肌力药物等支持治疗。预防复发： 患者在急性期治疗后，需要长期进行抗凝治疗来预防复发，抗凝治疗的疗程因人而异，一般至少3 - 6个月，部分患者可能需要更长时间甚至终身抗凝，需要定期监测凝血功能等指标，根据情况调整抗凝药物剂量。