引起手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中以柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型最为常见。这些病原体主要通过以下几种途径传播而来：
通过密切接触传播
直接接触患者： 手足口病患者的口鼻分泌物、疱疹液中都含有大量病毒。比如，健康儿童与手足口病患儿握手、拥抱，或者接触到患儿用过的玩具、餐具等被污染的物品，就有可能感染病毒。一般来说，在幼儿园等儿童密集场所，这种直接或间接的密切接触很容易导致病毒传播。间接接触环境： 病毒可以在物体表面存活一段时间。如果环境中的玩具、桌椅、门把手等被病毒污染，其他儿童接触后，再用手触摸自己的口鼻等部位，就会让病毒进入体内引发感染。
通过飞沫传播
空气飞沫传播： 患者在咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫。这些飞沫在空气中悬浮，健康人吸入后就可能被感染。比如，在一个相对封闭的空间里，有手足口病患者咳嗽，周围的人就有感染风险，这种传播方式在人员密集且通风不好的地方较为常见。
通过消化道传播
经口摄入病毒： 被病毒污染的水、食物等，健康人饮用或食用后也会感染。例如，饮用了被肠道病毒污染的水源，或者吃了被污染的生冷食物，像未洗净的瓜果等，都可能让病毒进入消化道，从而引发手足口病。