怀孕三个多月腰疼，原因包括生理性的，如子宫变大、激素水平变化；也包括病理性的，如腰肌劳损、缺钙、先兆流产、肾结石、腰椎间盘突出症等。
一、生理性原因：
1.子宫变大：怀孕后，随着胎儿不断生长发育，孕妇的子宫逐渐变大，腹部承载的重量也不断增加，会使韧带牵扯肌肉，导致腰部生理弯曲发生改变，从而出现腰疼现象。
2.激素水平变化：怀孕后孕妇体内激素水平会有明显变化，胎盘分泌的松弛素会使盆骨及椎骨韧带松弛，这也可能引发腰部疼痛。
二、病理性原因：
1.腰肌劳损：孕妇如果不注重个人防护，怀孕后久坐或卧床时间较长，且坐姿或卧床姿势不正确，就可能造成腰部肌肉慢性劳损，进而引起腰疼。
2.缺钙：孕三个月时子宫增大，孕妇机体内对钙元素的需求增多，若没有及时补钙，或本身孕前就缺钙，孕期缺钙情况会更明显，在骨质流失后就可能出现腰疼。
3.先兆流产：怀孕三个多月腰疼时需警惕是否有宫缩现象，部分出现先兆流产的孕妇会表现为子宫收缩，伴有下腹不规律坠胀痛，并可能向腰部放射导致腰疼。
4.肾结石：孕妇若出现脊柱两侧腰疼，可能是肾结石引起。当结石进入输尿管导致输尿管剧烈蠕动时，孕妇会表现出腰疼，且尿常规检查会显示尿中红细胞增多。
5.腰椎间盘突出症：若孕妇本身有腰椎间盘突出症，随着子宫不断增大，腰部受压更严重，可能会使腰椎间盘突出加重而出现腰疼症状。
如果孕妇在怀孕三个多月时出现腰疼，建议前往医院进行子宫附件超声、泌尿系超声、尿常规等相关检查，以排除器质性病变，必要时进行针对性治疗，避免延误治疗而影响胎儿正常发育。总之，孕妇出现腰疼不可忽视，应及时明确原因并妥善处理。