怀孕三个月腰疼，可能是以下原因引起：
1.生理变化：怀孕后，体内激素水平改变，关节韧带松弛，子宫增大，向前突出，为了保持身体平衡，孕妇的腰部会向前突，腰部肌肉紧张，从而引起腰疼。
2.缺钙：怀孕后，胎儿的生长发育需要大量的钙，如果孕妇摄入的钙不足，会导致骨质疏松，引起腰疼。
3.过度劳累：怀孕后，孕妇的身体负担加重，如果过度劳累，会导致腰部肌肉疲劳，引起腰疼。
4.不良姿势：怀孕后，孕妇的腹部逐渐增大，为了保持身体平衡，孕妇会采取一些不良的姿势，如弯腰、扭腰等，会导致腰部肌肉紧张，引起腰疼。
5.疾病因素：如果孕妇本身患有腰椎间盘突出、盆腔炎等疾病，怀孕后会加重病情，引起腰疼。
针对以上原因，可以采取以下措施缓解腰疼：
1.注意休息：避免过度劳累，避免长时间站立或行走，尽量多休息。
2.调整姿势：保持正确的坐姿和站姿，避免弯腰、扭腰等动作。
3.热敷腰部：用热水袋或热毛巾热敷腰部，每次20-30分钟，每天2-3次。
4.补钙：多吃富含钙的食物，如奶制品、豆制品、海鲜等，也可以在医生的指导下补充钙剂。
5.按摩腰部：轻轻按摩腰部，缓解肌肉紧张。
6.就医治疗：如果腰疼严重，或伴有其他症状，如阴道出血、腹痛等，应及时就医，排除其他疾病。
需要注意的是，以上措施只能缓解腰疼，如果腰疼持续不缓解或加重，应及时就医，排除其他疾病。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累，保持良好的姿势，适当运动，有助于缓解腰疼。