卵巢畸胎瘤的来源目前尚未完全明确，一般认为与生殖细胞异常分化有关。正常情况下，生殖细胞具有分化成多种组织的潜能，但在某些因素影响下，生殖细胞出现异常分化，就可能形成卵巢畸胎瘤。
生殖细胞异常分化角度
原始生殖细胞异位： 在胚胎发育过程中，原始生殖细胞的迁移出现异常，部分原始生殖细胞异位到卵巢部位，这些异位的原始生殖细胞在特定条件下发生异常分化，逐渐形成卵巢畸胎瘤。比如在胚胎早期发育阶段，原始生殖细胞本应迁移到正确的生殖腺部位，但由于某些未知的因素干扰，导致部分滞留在卵巢区域，进而引发后续的异常分化。生殖细胞自身突变： 生殖细胞在发育过程中可能发生基因突变，这种基因突变影响了生殖细胞的正常分化程序。当生殖细胞携带突变基因时，其分化方向出现偏差，不再按照正常的组织分化路径进行，而是朝着形成卵巢畸胎瘤的方向发展。例如某些特定基因的突变可能破坏了生殖细胞分化的调控机制，使得畸胎瘤相关的组织成分得以形成。
从胚胎发育阶段分析
发生在胚胎早期： 卵巢畸胎瘤多起源于胚胎早期的生殖细胞。在胚胎发育的第3 - 4周，原始生殖细胞开始出现，到胚胎发育的第6周左右，原始生殖细胞迁移到生殖嵴部位。如果在这个关键的迁移和分化阶段出现异常，就为卵巢畸胎瘤的形成埋下隐患。在胚胎发育的前8周内，生殖细胞的分化状态对后续生殖系统的发育至关重要，任何干扰这个阶段正常进程的因素都可能导致生殖细胞异常分化形成畸胎瘤。与胚胎期组织分化异常相关： 胚胎在发育过程中，组织分化是一个精密有序的过程。卵巢畸胎瘤的形成与胚胎期组织分化的异常密切相关。正常情况下，不同的组织会按照既定的模式分化形成，而当胚胎期组织分化出现紊乱时，就可能使得生殖细胞分化出多种不同的组织成分，像皮肤、毛发、牙齿、油脂等组织成分都可能在卵巢畸胎瘤中出现，这正是由于胚胎期组织分化异常导致生殖细胞异常分化的结果。
遗传因素的影响
家族遗传倾向： 部分卵巢畸胎瘤患者存在家族遗传倾向。如果家族中有亲属患有卵巢畸胎瘤，那么其他家族成员患卵巢畸胎瘤的风险可能会相对增加。虽然具体的遗传机制还不完全清楚，但研究发现某些基因的遗传突变可能在家族性卵巢畸胎瘤的发病中起到作用。例如一些与生殖细胞发育调控相关的基因，如果家族中存在这些基因的异常遗传，就可能使后代更容易出现生殖细胞分化异常，进而引发卵巢畸胎瘤。特定基因与发病关联： 已经发现一些特定基因与卵巢畸胎瘤的发生有关联。比如某些肿瘤抑制基因的突变可能导致卵巢畸胎瘤的发生风险增加。当这些基因发生突变时，其对细胞生长和分化的调控功能丧失，使得生殖细胞的分化失去正常的约束，从而促进卵巢畸胎瘤的形成。不过目前对于这些基因与卵巢畸胎瘤具体关联的研究还在不断深入，需要更多的科学证据来明确其详细的作用机制。