十三价肺炎疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数在接种后2-3天内出现。比如局部可能出现红肿、疼痛，发生率相对较低，一般不超过10%；也可能出现发热情况，多数为低热，体温通常在38.5℃以下，持续时间较短，一般1-2天就会自行缓解。
局部副作用表现
注射部位红肿：接种后的局部皮肤可能会出现红肿现象，一般红肿范围比较小，直径通常在2-5厘米左右，多数会在1-2周内逐渐消退。注射部位疼痛：有些接种者会感到注射部位有疼痛感，这种疼痛一般是轻度或中度的，多数人可以耐受，不需要特殊处理，1-2天内会自行消失。
全身副作用表现
发热：除了局部反应外，部分接种者可能出现发热症状，一般以低热为主，体温在37.5-38.5℃之间较为常见。这种发热一般是机体的免疫反应引起的，通常持续时间较短，1-2天内体温可恢复正常。烦躁不安：少数接种者可能会出现烦躁不安的情况，尤其是婴幼儿接种后，可能会比平时更易哭闹，不过一般也是短暂的，随着身体对疫苗的适应，这种情况会逐渐改善。
特殊人群副作用情况
婴幼儿：婴幼儿接种十三价肺炎疫苗后，副作用可能相对明显一些。比如发热的情况可能相对较常见，而且婴幼儿表达能力有限，可能会通过哭闹等方式来表现不适。但一般只要加强观察，做好护理，大多能自行缓解。过敏体质者：过敏体质的人接种十三价肺炎疫苗后，出现副作用的风险可能会相对高一些。除了可能出现常见的局部红肿、发热等情况外，还可能出现较为严重的过敏反应，如皮疹（可能是大面积的皮疹）、呼吸困难等，但这种情况发生率较低，不过一旦出现需要及时就医处理。