十三价肺炎疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数在短期内可自行缓解。一般来说，约10% - 30%的接种者可能会出现一些局部或全身反应。
局部副作用情况
注射部位红肿：接种后1 - 2天内，少数宝宝可能在注射部位出现红肿现象，一般红肿范围比较小，直径多在2 - 5厘米左右，通常2 - 3天会逐渐消退。注射部位疼痛：有些宝宝会感到注射部位有疼痛，不过这种疼痛大多比较轻微，不需要特殊处理，宝宝通常在1 - 2天内就能适应，不再明显感觉到疼痛。
全身副作用情况
发热：约有10% - 20%的接种者可能出现发热症状，一般是低热，体温多在37.5℃ - 38.5℃之间，这种发热通常会在1 - 2天内自行消退。不过也有少数宝宝可能出现中度发热，体温在38.5℃ - 39℃左右，但持续时间也较短，大多不超过3天。烦躁不安：部分宝宝接种后可能会比平时更烦躁不安，不过一般程度较轻，家长可以通过安抚等方式来缓解，通常1 - 2天宝宝的情绪就会恢复如常。食欲减退：大概5% - 10%的宝宝接种后会出现食欲减退的情况，不过一般只是暂时的，1 - 2天后大多能恢复正常的进食量。
较为罕见的副作用情况
过敏反应：虽然非常罕见，但也有极个别宝宝可能对十三价肺炎疫苗中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等严重过敏症状。一旦出现这种情况，需要立即就医进行紧急处理。嗜睡：少数宝宝接种后可能会比平时更嗜睡，不过一般也是短暂的，持续1 - 2天左右就会恢复正常的精神状态。