手足口病通常是由肠道病毒引起的，一般没有特定的抗病毒药物能直接杀灭病毒，但可以通过一些药物来缓解症状。比如，发热时可以使用对乙酰氨基酚等退烧药，一般用药后0.5-1小时左右开始起效，能帮助降低体温。
对症治疗药物
退热药物： 如果孩子体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚，适用于3个月以上的儿童；布洛芬适用于6个月以上的儿童，能起到退热的作用，缓解发热带来的不适。缓解口腔疼痛药物： 当孩子口腔出现疱疹、溃疡导致疼痛时，可以使用康复新液，用棉签蘸取少量涂于患处，能促进创面愈合，减轻疼痛；也可以使用开喉剑喷雾剂，直接喷于口腔患处，有消肿止痛的效果。
抗病毒相关药物
目前对于肠道病毒引起的手足口病，并没有特效的抗病毒药物。不过，一些干扰素喷雾或雾化可能有一定的抗病毒作用，但临床应用需遵循医生的专业判断。比如重组人干扰素α1b喷雾，可喷于口腔等部位，抑制病毒复制，但使用时要注意按照医嘱的剂量和频率来用。
特殊人群用药注意
儿童用药： 儿童使用药物时需格外谨慎，要严格按照体重、年龄来计算合适的剂量。比如对乙酰氨基酚，1-3岁、体重10-15kg的儿童一次用量为160mg；4-6岁、体重16-21kg的儿童一次用量为240mg等，一定要准确用药。孕妇及哺乳期女性： 孕妇感染手足口病后用药更要谨慎，一般不建议自行用药，需及时就医，由医生根据具体情况评估是否用药以及选择合适的药物，哺乳期女性用药也可能会通过乳汁影响婴儿，所以也要在医生指导下进行。
一般治疗与护理配合
除了药物治疗外，还需要做好一般护理。要让孩子多休息，保持室内通风良好，孩子的餐具、玩具等要定期消毒。同时，要注意孩子的口腔清洁，饭后让孩子用温水漱口，饮食上要给孩子吃清淡、易消化的食物，避免吃辛辣、刺激性、过烫的食物，以免加重口腔疼痛。如果孩子出现精神差、嗜睡、易惊、头痛、呕吐等重症表现，要立即就医，此时可能需要更复杂的治疗措施，而不只是单纯的药物对症处理了。