手足口病目前没有特效的抗病毒药物，主要是对症治疗。一般来说，针对手足口病的症状可以使用一些药物来缓解不适。例如，发热时如果体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚等退烧药来退热，不过2岁以下儿童使用退烧药需谨慎，最好在医生指导下用药。
对症治疗药物作用
退热药物：像对乙酰氨基酚，它能通过抑制前列腺素的合成来发挥解热镇痛作用，可缓解手足口病患者因发热带来的不适，一般适用于6个月以上的儿童，但2岁以下儿童使用需严格遵循医生指导。缓解口腔疼痛药物：如果孩子口腔出现疱疹疼痛影响进食，可使用康复新液等，它能促进黏膜修复，减轻口腔创面的疼痛，帮助孩子缓解不适，利于进食和康复。
注意药物使用禁忌
避免滥用抗病毒药物：手足口病大多是由肠道病毒引起的自限性疾病，一般不需要使用抗病毒药物如利巴韦林等，因为目前并没有证据表明利巴韦林能有效治疗手足口病，而且滥用还可能带来不良反应。特殊人群用药谨慎：对于孕妇感染手足口病，用药更需谨慎，因为一些药物可能会对胎儿产生影响，必须在医生全面评估病情后，权衡利弊再选择合适的处理方式；对于年龄较小的婴儿，使用任何药物都要格外小心，严格按照医生的建议来，防止出现不良反应。
配合非药物措施促进恢复
除了药物治疗，还需要配合一些非药物措施。比如让孩子多休息，保证充足的睡眠，有助于身体恢复；保持口腔清洁，饭后让孩子用温水漱口，减少口腔细菌滋生，促进口腔疱疹愈合；饮食上要给孩子提供清淡、易消化、温凉的食物，避免辛辣、刺激性食物加重口腔疼痛。同时要注意隔离，避免交叉感染，一般隔离期为2周左右，防止将病毒传染给其他儿童。