淋菌性咽炎主要由淋病奈瑟菌感染引起，治疗上通常选用抗生素。一般来说，可选用头孢曲松等抗生素进行治疗，通常规范治疗后能取得较好效果。
抗生素选择要点
头孢类抗生素： 头孢曲松是常用的治疗淋菌性咽炎的药物之一，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。一般采用单次大剂量肌内注射的方式给药。需要注意的是，对头孢菌素类药物过敏者禁用。大环内酯类抗生素： 如阿奇霉素，也可用于淋菌性咽炎的治疗，但相对来说不如头孢类药物常用。阿奇霉素通过与细菌核糖体结合，抑制细菌蛋白质合成。不过，使用阿奇霉素时要注意胃肠道反应等可能出现的副作用，孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎。
治疗中的注意事项
性伴侣同时治疗： 淋菌性咽炎患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，因为在性行为中很容易相互传染，若不同时治疗，治愈后仍可能再次被感染。一般要求在患者开始治疗后的7天内，性伴侣也应接受检查和相应处理。治疗后复查： 在完成治疗后，通常需要在1 - 2周内进行复查，通过相关检查来确定淋病奈瑟菌是否已被清除。如果复查结果为阳性，可能需要调整治疗方案。
生活方面的建议
注意个人卫生： 保持口腔清洁，可使用淡盐水漱口，每天多次，有助于减轻咽部不适和减少细菌滋生。同时，要勤换洗衣物，尤其是贴身的内衣裤，避免细菌再次感染。避免高危性行为： 在治疗期间以及治愈后的一段时间内，要避免无保护的高危性行为，防止疾病传播给他人或再次感染。